洁净能源创新院加快构建“1+X+N”开放融合的创新组织体系，探索建立目标导向、绩效管理、协同攻关、开放共享的新型运行机制。依托单位是中国科学院大连化学物理研究所，共建单位包括中国科学院青岛生物能源与过程研究所（与大连化物所融合发展）、中国科学院电工研究所、中国科学院福建物质结构研究所、中国科学院工程热物理研究所、中国科学院广州能源研究所、中国科学院过程工程研究所、中国科学院兰州化学物理研究所、中国科学院山西煤炭化学研究所、中国科学院上海高等研究院、中国科学院上海应用物理研究所和中国科学技术大学等相关院属单位。