洁净能源创新院从能源系统顶层设计角度出发，以化石能源清洁高效利用与耦合替代、清洁能源多能互补与规模应用、低碳化多能战略融合为主线，通过技术革命促进各能源种类之间的联系，以优势互补来对冲抵消各自的缺陷，实现化石能源/可再生能源/核能的融合发展，率先示范及构建多种能源互补融合的新型能源系统，实现清洁低碳、安全高效，与生态文明同步协调发展；同时注重与军事能源供应系统对接及满足GF和特种应用场景的能源需求，全面保障国家能源安全。